PDK1 활성 향상 기반 근기능 개선 물질 발굴

From Course@DGIST
Jump to navigation Jump to search
PDK1 활성 향상 기반 근기능 개선 물질 발굴
제안자
자문교원 이영삼, 조성천
연도 2019
타입 A형 과제
코스 프란시스 크릭
매칭여부
참여학생수
소개동영상 http://commons.dgist.ac.kr/em/5bf4e2e4a3d5c

제안 배경

과제 목표

- 생체 활력유지에 필수기관인 근육의 양적 질적 개선을 유도할 수 있는 물질을 발굴하고자 함

- 근육의 기능유지에 있어 핵심적 역할을 담당하는 PDK1 효소의 활성화를 유도하는 물질을 선별하고 이들의 근육세포의 in vitro 실험을 통해 검증함.

- 향후 동물 실험을 통해 이들 소분자에 의한 기능 개선 여부를 탐색함 (in vivo 실험의 경우 1년 간의 UGRP 실험 종료 후, 효과 물질 선정하여 연속 진행 될 수 있음)

과제 내용

가. PDK1 활성도 기반 근기능 개선 물질 스크리닝

1) High throughput screening에서 일관성 결과 확보를 위한 ISO 기준에 맞는 pipet 사용법 숙지
2) Luciferase 기반 in vitro kinase assay를 통한 천연물 추출물을 포함한 FDA 승인 소분자 라이브러리 중에서 PDK1 인산화 활성화 증가 유도 물질 발굴 

나. 후보 약물의 근기능 개선 검증

1) 세포배양기술 숙지를 위한 run chart 작성 및 근육세포 배양/분화 조건 확립
2) 근육세포에서 western assay를 통한 PDK1 하위 신호전달계의 활성 증가 유도 검증
3) PDK1 활성 향상 물질에 의한 근육세포의 세포생리적 기능 개선 여부 검증

다. 3차원 단백질 구조 기반 PDK1 효소 기능 활성화 유도 후보 소분자의 in silico 결합력 예측 및 검증

1) 분자 구조의 시각화 및 분자 모델링 program (Pymol, Discovery Studio)의 사용법  숙지
2) Molecule docking을 통한 PDK1와 근기능 활성유도 소분자 후보군간의 결합력 예측
3) Surface plasmon measurement 등의 생화학적 방법을 이용한 결합력 검증

참고자료

희망학생